1781 erster Gottesdienst im Dom
In sensationeller Bauzeit waren Kloster und Kirche wiederaufgebaut worden
Am 8. November 1781 nahm Fürstabt Martin Gerbert eine vorläufige Benediktion, Segnung, der neuen Kirche vor. Drei Tage später, am 11. November, dem Namenstag des Fürstabtes, konnte dann der erste feierliche Gottesdienst im Dom begangen werden. Die neue Kuppelkirche war so weit fertig, dass die Notkirche außerhalb der Klosteranlage verlassen und jetzt jeden Tag Gottesdienst im neuen Raum gehalten werden konnte. Die eigentliche Weihe der Kirche fand erst zwei Jahre später, im September 1783 statt.
Die Klosteranlage mit Kuppelkirche, wie sie nach der Fertigstellung von 1781 der aus St. Blasien stammende Maler und Kupferstecher Peter Mayer festgehalten hat.
Es war eine sensationelle Leistung, die die Bauleute vollbrachten. Nicht nur die gewagte Kuppelkonstruktion war es, die damals Bewunderer, aber auch Kritiker von überall her anzog, es war auch die Bauzeit, die alles bis dahin mögliche in den Schatten stellte. Am 23. Juli 1768 waren die Klosterkirche und die Klosteranlage Raub eines Feuers geworden. Fürstabt Martin Gerbert musste seine Brüder in auswärtigen Besitzungen und anderen Klöstern unterbringen. Martin Gerbert stellte seinem Konvent die Frage, ob er überhaupt wieder aufgebaut werden solle oder ob es nicht besser wäre, das Kloster ganz ins Bonndorfische zu verlegen.
Am 13. Dezember 1768 fand eine Generalkonferenz statt, die sich für den Wiederaufbau an alter Stelle aussprach und in der Martin Gerbert auch bereits die Pläne des Franzosen Michele d´ Ixnard mit der Kuppelkirche vorstellen konnte. Zunächst ging es jedoch an den Wiederaufbau der Klosteranlage, auch hier wirkte d´ Ixnard als Architekt. Im Herbst 1772 konnte der Fürstabt alle zerstreut lebenden Brüder wieder ins eigene Haus rufen.
Erst dann ging es an den Bau der Kirche. Der Bauplatz wurde mit Brandschutt aufgefüllt, so dass der Boden des neuen Gotteshauses 1,20 Meter über das natürliche Gelände rückte. Dann wurde mit den Umfassungsmauern begonnen. Es war ein schwieriges Unternehmen, die schweren Sandsteinblöcke von weit her ins Tal zu transportieren. Die Steine für den Wiederaufbau, vor allem der Westfassade, kamen aus der Gegend von Fützen und Ewattingen, die Steine für den Dombau aus Steinbrüchen bei Ober- und Unteralpfen, beim „Stieg“ . Jedenfalls waren schwierige Transporte mit Pferde- und Ochsengespannen notwendig. Die Steine von Alpfen wurden über den eigens gebauten Steinweg durch den Stiegwald gezogen, zuerst bergauf, dann wieder hinunter, über extra angelegte Holzbahnen nach Niedermühle und schließlich Albtal einwärts zur Baustelle. Die Steine aus Fützen/Ewattingen kamen über die Eisenbreche nach St. Blasien, die heutige Straßenführung Häusern — Seebrugg wurde erst später befahrbar ausgebaut.
Die langen Winter ließen die Baustelle oft ruhen. Aus dem Jahre 1775 wird berichtet, dass die Maurer und Steinhauer erst am 30. April auf der Baustelle erschienen, ein Jahr später konnten 40 Steinhauer bereits am 23. Februar mit der Arbeit beginnen. Beschäftigt wurden auch viele Bauern aus der ganzen Umgebung, für alle eine willkommene Einnahme, nach dem gerade in diesen Jahren durch Missernten oftmals Hunger herrschte. Fürstabt Martin Gerbert sagte damals, er könne in diesen schweren Zeiten seinen Bauern kein besseres Almosen geben als Arbeit genug.
Im Jahre 1774 überwarf sich der Fürstabt mit dem Architekten d´ Ixnard und dessen Bauleiter Franz Salzmann. Es war wieder ein Franzose, Nikolaus de Pigage, der jetzt auf der Baustelle das Sagen hatte und neue Ideen und Veränderungen des d´ Ixnard-Planes einbrachte. Ab 1776 konnte dann bereits mit dem Aufrichten der Kuppel begonnen werden, eine Meisterleistung des heimischen Zimmermeisters Joseph Müller, der das Handwerk bei seinem Vater erlernt hätte und niemals aus St. Blasien herausgekommen war.
Zahlreiche Handwerker und Künstler bekamen noch Arbeit an der Kirche, bevor dann am 8. November 1781 an den beiden Altären der Rotunde durch den Fürstabt und seinen Pater Kellermeister erste Messen gelesen und vom Volk der Rosenkranz gebetet werden konnte.
Im Jahre 1783 wurde die Abteikirche mit der viertgrößten Kirchenkuppel Europas (größte Kirchenkuppel nördlich der Alpen) eingeweiht.
Keine 100 Jahre später, 1874, fiel der Dom einem „Jahrhundertbrand“ zum Opfer. Nach dem Wiederaufbau konnte der Dom 1913 wieder eingeweiht werden. Zur 200-Jahrfeier (1983) wurde der Dom umfassend restauriert: Die 20 freistehenden Säulen erhielten einen weißen Stuckmarmormantel, das bisher dunkle Gestühl wurde durch ein weißes Gestühl ersetzt und der Fußboden wurde – nach den ursprünglichen Plänen des Architekten Pierre Michel d’Ixnard – mit Carrara-Marmorplatten verlegt. Jetzt hat der Blasius-Dom eine helle, lichtdurchflutete Rotunde.
Auf der Kirchenkuppel mit 36 m Durchmesser strahlt weithin sichtbar der goldene „Reichsapfel“ mit dem Kreuz (das Kloster war Reichsabtei). Die Gesamthöhe beträgt 63 Meter.